كان للمسجد النبوي ثلاثة أبواب في بنايته الأولى وهي:
1) باب في مؤخرة المسجد (أي جهة القبلة اليوم) حيث كانت القبلة إلى بيت المقدس. وبعد تحول القبلة من بيت المقدس إلى الكعبة المشرفة يوم الثلاثاء 15/8/2 هـ أغلق الباب في الحائط الجنوبي ، وحل محله باب في الحائط الشمالي، وعملت ثلاثة أروقة جهة الجنوب على غرار تلك التي بالجهة الشمالية واحتفظ بباب عثمان وباب عاتكة.
2) باب من جهة الغرب عرف بباب عاتكة (المعروف الآن بباب الرحمة). (وعاتكة سيدة من مكة ابنة زيد بن عمر ، من قبيلة عدي بن كعب ، أسلمت وهاجرت للمدينة المنورة ، وسمي الباب باسمها لوجوده مقابل بيتها، كما عرف بباب السوق لأنه كان يؤدي إلى السوق، ويرجع تسميته إلى باب الرحمة كما جاء في صحيح البخاري إلى أن رجلا دخل المسجد طالباً من الرسول صلى الله عليه وسلم الدعاء لإرسال المطر، فأمطرت السماء سبعة أيام ، ثم دخل في الجمعة الثانية طالباً برفع المطر خشية الغرق ، فانقشعت السحب ، واعتبر هذا رحمة بالعباد ، فأطلق عليه باب الرحمة ، وباب النبي لأن الرسول صلى الله عليه وسلم كان يدخل منه ).
3) باب من جهة الشرق عرف بباب عثمان (المعروف الآن بباب جبريل). وأطلق عليه باب جبريل لأن الرسول صلى الله عليه وسلم ، التقى بجبريل في هذا المكان في غزوة بني قريظة، وعرف بباب عثمان لوجوده مقابل بيته.( عمارة وتوسعة المسجد النبوي الشريف عبر التاريخ ص48-49)
وبعد توسعة عمر بن الخطاب رضي الله عنه للمسجد النبوي أصبح للمسجد ستة أبواب أي أضيف ثلاثة أبواب جدد إلى الأبواب التي كانت في حوائط المسجد على عهد الرسول صلى الله عليه وسلم. فأصبحت أبواب المسجد على النحو التالي:
1) الحائط الشمالي: بابان (أضيف باب مستجد).
2) الحائط الشرقي: بابان باب جبريل (واستحدث باب النساء ).
3) الحائط الغربي: بابان ، باب الرحمة (واستحدث باب السلام).
(عمارة وتوسعة المسجد النبوي الشريف عبر التاريخ ص 91-92؛ لناجي بن محمد حسن عبد القادر الأنصاري، مراجعة وتقديم فضيلة الشيخ: عطية بن محمد سالم، الطبعة الأولى 1416هـ/1996م).

وتوالى زيادة عدد أبواب المسجد النبوي خلال توسعات المسجد النبوي عبر التاريخ مع الاحتفاظ بمسميات الأبواب الرئيسة المشار إليها أعلاه ، وفيما يلي جدول يوضح أسماء وأرقام أبواب المسجد النبوي في وقتنا الحالي:

عدد اسم الباب رقمه
1 باب السلام 1
2 باب الصديق 2-أ
3 باب الصديق 2- ب
4 باب الصديق 2- ج
5 باب الرحمة 3
6 باب البقيع 41
7 باب جبريل 40
8 باب النساء 39
9 باب الجنائز 42
10 باب الهجرة 4- أ
11 باب الهجرة 4 - ب
12 باب قباء 5- أ
13 باب قباء 5- ب
14 باب قباء 5- ج
15 باب الملك سعود (باب العقد) 7
16 باب الملك سعود (باب المشربية) 8 – أ
17 باب الملك سعود (باب المزلقان) 8 – ب
18 باب الملك سعود 8 – ج
19 باب الملك سعود 8 – د
20 باب الملك سعود (باب المشربية) 8 – هـ
21 باب الملك سعود (باب العقد) 9
22 باب العقيق 11 - أ
23 باب العقيق 11 - ب
24 باب السلطان عبد المجيد (العقد) 12
25 باب السلطان عبد المجيد (المشربية) 13 – أ
26 باب السلطان عبد المجيد (المزلقان) 13 – ب
27 باب السلطان عبد المجيد 13 – ج
28 باب السلطان عبد المجيد 13 – د
29 باب السلطان عبد المجيد (المشربية) 13 – هـ
30 باب السلطان عبد المجيد (العقد) 14
31 باب عمر بن الخطاب (العقد) 16
32 باب عمر بن الخطاب (المشربية) 17 – أ
33 باب عمر بن الخطاب (المزلقان) 17 - ب
34 باب عمر بن الخطاب 17 – ج
35 باب عمر بن الخطاب 17 – د
36 باب عمر بن الخطاب 17 – هـ
37 باب عمر بن الخطاب (العقد) 18
38 باب بدر 19
39 باب الملك فهد (العقد) 20
40 باب الملك فهد (المشربية) 21 – أ
41 باب الملك فهد (المزلقان) 21 – ب
42 باب الملك فهد 21 - ج
43 باب الملك فهد 21 - د
44 باب الملك فهد (المشربية) 21 – هـ
45 باب الملك فهد (العقد) 22
46 باب أحد 23
47 باب عثمان بن عفان (العقد) 24
48 باب عثمان بن عفان (المشربية) 25 – أ
49 باب عثمان بن عفان (المزلقان) 25- ب
50 باب عثمان بن عفان 25-ج
51 باب عثمان بن عفان 25- د
52 باب عثمان بن عفان (المزلقان) 25 –هـ
53 باب المدينة المنورة (العقد) 26
54 باب علي بن أبي طالب (العقد) 28
55 باب علي بن أبي طالب (المشربية) 29 - أ
56 باب علي بن أبي طالب (المزلقان) 29-ب
57 باب علي بن أبي طالب 29 –ج
58 باب علي بن أبي طالب 29 - د
59 باب علي بن أبي طالب (المشربية) 29-هـ
60 باب علي بن أبي طالب (العقد) 30
61 باب أبي ذر 32 – أ
62 باب أبي ذر 32-ب
63 باب الملك عبد العزيز(العقد) 33
64 باب الملك عبدالعزيز(المشربية) 34- أ
65 باب الملك عبدالعزيز(المزلقان) 34 -ب
66 باب الملك عبدالعزيز 34 –ج
67 باب الملك عبدالعزيز 34 – د
68 باب الملك عبدالعزيز(المشربية) 34 –هـ
69 باب الملك عبد العزيز(العقد) 35
70 باب مكة 37- أ
71 باب مكة 37 –ب
72 باب مكة 37 –ج
73 باب بلال 38 – أ
74 باب بلال 38 -ب
75-76 باب السلم الكهربائي ( 6)في الجهة الجنوبية الغربية (أ-ب)
77-78 باب السلم الكهربائي (10)في الجهة الغربية (أ-ب)
79-80 باب السلم الكهربائي (15)في جهة الشمال الغربي (أ-ب)
81-82 باب السلم الكهربائي (27)في جهة الشمال الشرقي (أ-ب)
83-84 باب السلم الكهربائي (32)في الجهة الشرقية (أ-ب)
85-86 باب السلم الكهربائي (6)في جهة الجنوب الغربي (أ-ب)